Unter Berns Schutz führten Guillaume Farel und Pierre Viret ab 1526 die Reformation in dem Kanton Waadt ein. Als der Herzog von Savoyen das mit Bern verbündete Genf bedrohte, eroberte Bern 1536 unter dem obersten Feldhauptmann Hans Franz Nägeli und mit Unterstützung Freiburgs den Kanton Waadt endgültig. Auch Lausanne, obwohl Reichstadt und seit 1525 im Bund mit Bern, musste der Besatzungsmacht huldigen. Im Vertrag zu Lausanne vom 30. Oktober 1564 trat Savoyen den Kanton Waadt förmlich an Bern ab.

Während der bernischen Herrschaft erlebte der Kanton eine relativ friedliche Zeit; eine Ausnahme bildet ein Aufstand unter Major Davel, der von den Bernern am 24. April 1723 hingerichtet wurde und im Kanton Waadt als Volksheld gilt.