Der Genfersee erstreckt sich beinahe an der ganzen südlichen Kantonsgrenze entlang und hat eine Grösse von 580.03 km². 

Im Hochtal des Vallée de Joux liegt der Lac de Joux. Er ist mit einer Fläche von 8,77 km² der grösste See im Juragebiet. Der einzige Zufluss des Lac de Joux ist die Orbe. Das Südostufer des Lac de Joux ist relativ flach, im Bereich der Mündung der Orbe befindet sich ein grösseres Sumpfgebiet. 

Die Orbe ist ein 67 km langer Fluss, der seine Quelle in Frankreich nördlich des Juragipfels la Dôle hat. Sie fliesst durch den Kanton Waadt und mündet in den Neuenburgersee. Der Fluss schuf bei der waadtländischen Ortschaft Vallorbe die Fernhöhlen, ein faszinierendes Grottensystem.